L’EPFA Guyane est administré par un conseil d’administration de 12 membres composé de :

• six membres représentant l’Etat ;
• six membres représentant les collectivités territoriales et leurs groupements : . trois représentants de la Collectivité Territoriale de Guyane . trois représentants désignés par l’assemblée des présidents des établissements publics de coopération intercommunale et des maires des communes non membres de tels établissements, ou leur représentant.
• assistent également de droit au conseil d’administration, avec voix consultative un représentant :

  de la chambre de commerce et d’industrie
  de la chambre d’agriculture
  du conseil économique, social et environnemental de Guyane.

Le président du conseil d’administration est nommé par les membres du conseil d’administration.